Türkiye'nin en önemli eğitim kurumlarından biri olan İzmir Atatürk Lisesi'nde, 1888 yılında eğitim ve öğretime başlanmıştır. Tanzimat Dönemi ile başlayan gelişmelere paralel olarak 1853´te ülke genelinde yirmibeş adet rüştiyenin açılmasına karar verilir. Türk Milli Eğitiminin modernleşmesinin ilk basamağını oluşturan bu kurumları, İdadi´ler ve Sultani'ler takip eder.
1885´te şimdiki İzmir Valilik Binasının yerinde ilk İdadi'nin temelleri atılır. Üç yıllık bir çalışmadan sonra yirmidörtbin altın harcanarak 1888 yılında İdadi'nin binası hizmete sunulurmuştur.
İdadi'nin ilk müdürü Burhanzade Abdurrahman Hilmi Beydir. Abdurrahman Hilmi Bey´den sonrası sırasıyla; İsmail Nail Bey, Veysi Bey, Abdi Namık Bey, Midillili Mehmet Bey, Yusuf Rıza Bey, Ömer Fevzi Bey müdürlük görevlerinde bulunmuşlardır.
Okulumuzun Sultaniye´ye dönüştürülmesi, 2. Meşrutiyet´ten sonraya rastlar. Sultani´nin İzmir Maarif Müdürü, Emrullah Efendinin görevde bulunduğu dönemde, İzmir´de çıkmakta olan Ahenk Gazetesi'nde
"Maarif Müdürlüğün´den: Mektebin 16 Teşrinievvel 1326 (Eylül 1910)da Sultani ünvanı ile resmi küşadı yapılmış ve tedrisata başlanmıştır" ilanıyla gerçekleşmiştir.
Okulun Sultani devresi, İzmir´in Yunanlılar tarafından işgaline değin sürer, Okulun bu dönemdeki müdürleri sırasıyla; Mustafa Refik Bey, Ali Haydar Bey, Rasih Bey, Şemsettin Günaltay ve Ahmet Nuri Beylerdir.
9 Eylül 1922´de İzmir'imizin düşman işgalinden kurtuluşu ile, kesintiye uğramış olan eğitim yeniden başlamıştır.
Türkiye'nin en önemli isimlerini yetiştiren okulumuz, halen bu başarılı ve öncü misyonunu devam ettirmektedir.